毎年4月の入社手続きや年末調整のシーズンに、マイナンバーの収集作業で手が止まっていませんか。紙の「マイナンバー提供依頼書」を印刷して配付し、提出された書類をコピーして本人確認し、施錠できるキャビネットに保管する。退職者が出るたびに廃棄の記録を残す。従業員30名規模でも、この一連の作業だけで年間8時間以上かかっているケースが珍しくありません。
この記事では、マイナンバー法（番号利用法）の安全管理措置に対応しながら、収集・保管・廃棄のすべてをクラウドでペーパーレス化して月8時間の作業を削減する実践手順を解説します。ツール選定の考え方から具体的な設定手順まで、特定のITスキルがなくても読み進められるよう経営者向けにまとめました。
マイナンバー管理とは？経営者にわかる言葉で
マイナンバー（個人番号）とは、国が国民一人ひとりに割り当てた12桁の番号です。会社が従業員のマイナンバーを取り扱うのは、主に以下の3つの場面です。
・給与支払報告書・源泉徴収票: 市区町村や税務署への提出に番号の記載が義務づけられています
・健康保険・厚生年金の被保険者届: 入社手続きや扶養異動届に番号が必要です
・雇用保険の各種届: 入社・退社・育休などの手続きに番号を使います
これらの手続きのために従業員に番号を提供してもらい、正確に保管することが会社の義務です。マイナンバー法では、番号を取り扱う事業者に対して「安全管理措置」の実施を義務づけています。安全管理措置とは、大まかに言えば「番号を漏らさないように適切に守ること」で、具体的には次の4点が求められます。
・組織的安全管理措置: 取り扱う担当者の限定、管理責任者の設置、取り扱い状況の記録
・人的安全管理措置: 担当者への教育・研修
・物理的安全管理措置: 書類は施錠できる場所に保管、不要になれば確実に廃棄
・技術的安全管理措置: アクセス制御、ウイルス対策、不正アクセス防止
紙管理の場合「施錠キャビネットへの保管」がボトルネックですが、クラウドで電子化するとアクセス制御と暗号化で代替でき、手間を大幅に削減できます。
紙管理を続けるコストと電子化のメリット
マイナンバーを紙で管理した場合と電子化した場合の工数を比較すると、次のようになります（従業員30名・月平均2名の入退社を想定）。
| 作業 | 紙管理の工数（月換算） | 電子化後の工数 |
|---|---|---|
| 入社時の収集・本人確認 | 1人あたり約30分（月1時間） | 1人あたり約5分（月10分） |
| 年末調整用番号確認・更新 | 年1回・約3時間（月換算15分） | 年1回・約20分（月換算2分） |
| 退職時の廃棄処理と記録 | 1人あたり約20分（月40分） | 1人あたり約3分（月6分） |
| 問い合わせ対応・現物確認 | 月2時間（書類の場所確認など） | 月10分（検索で即座に確認） |
| 合計（月換算） | 約8時間 | 約30分 |
時間削減に加えて、次のリスクも解消できます。
・書類の紛失リスク: 施錠キャビネット内の書類が見当たらない、という事故は実際に多く発生しています
・退職者分の廃棄漏れ: 廃棄対応が属人化していると、不要になった番号が保管され続けるリスクがあります
・担当者交代時の引継ぎ不備: 紙の管理台帳が整備されていないと、取得経緯の記録が失われます
マイナンバー電子化の具体的な進め方
1. 現状の管理方法を棚卸しする
まず、現在どの書類に何人分のマイナンバーが含まれているかを洗い出します。確認すべき場所は次の通りです。
・施錠キャビネット内の紙書類（マイナンバー提供書、扶養控除等申告書のコピーなど）
・PC内のExcelファイル（給与計算ソフトへの入力用に保存しているケース）
・会計事務所や社会保険労務士へ送付したデータのコピー
棚卸しの結果は「マイナンバー取扱台帳」に記録します。個人情報保護委員会が公開しているひな形を参考にすると手間が省けます。台帳を作ることが電子化移行の出発点です。
2. クラウドツールを選ぶ
マイナンバーの電子管理に使えるツールは大きく2種類あります。
・労務管理クラウド: SmartHRやマネーフォワードクラウド労務などにはマイナンバーの収集・保管機能が標準搭載されており、入社手続きや年末調整と一体化して管理できます。既に給与計算や勤怠管理でクラウドツールを使っている場合は、このパターンが最も効率的です
・マイナンバー専用管理ツール: 番号の収集・保管・廃棄だけを安全に管理する単機能ツールです。既存の給与ソフトはそのまま使いたい場合に選択肢となります
ツール選定では、次の3点を必ず確認してください。
・マイナンバー法の安全管理措置に対応しているか: プライバシーマーク取得、ISO 27001認証、または個人情報保護委員会のガイドライン準拠を謳っているかを確認します
・アクセス制御機能があるか: 担当者のみが番号を閲覧できるロールベースの権限設定が必要です
・廃棄機能が備わっているか: 退職後の自動削除、または廃棄確認フローがあるか確認します
コストの目安は従業員30名の場合、月額1,500円～5,000円程度です（2026年10月時点）。
3. 収集フローを電子化する
電子化後の収集フローは次のようになります。
①ツールから従業員のメールアドレスへ「マイナンバー提供依頼」を自動送信する
②従業員はスマートフォンでマイナンバーカードを撮影し、ツール上でアップロードする
③ツールが本人確認書類と番号の整合性をチェックする
④管理者が内容を確認して受領完了とする
従来は紙の書類を印刷・配付・回収・コピー・確認という流れでしたが、電子化後は送信から受領まで1人あたり5分以下で完了します。入社手続きと同時に実施できるため、採用書類のペーパーレス化とあわせて取り組むと効率的です（関連: 中小企業の採用・入社書類ペーパーレス化ガイド）。
4. 保管・アクセス管理を設定する
電子保管でも、マイナンバー法の安全管理措置の義務は変わりません。クラウドツール上での設定として、次を必ず行います。
・閲覧権限の設定: 総務・人事担当者と経営者のみが番号を閲覧できるよう、ロールベースで制限する
・ダウンロード制限: 番号データをCSVなどで外部にエクスポートできないよう制限する（ツールが対応していれば）
・アクセスログの記録: 誰がいつ番号を閲覧したかのログを残す。個人情報保護委員会の指針が求める「取り扱い状況の確認」に対応できます
・二要素認証の有効化: ログイン時のセキュリティ強度を上げる
なお、SmartHRを既に導入している場合は、追加費用なしでマイナンバー管理機能を使えるプランが多いため、まず現在の契約内容を確認することをお勧めします。
5. 廃棄手順を電子化する
マイナンバー法では、利用目的が終わった個人番号は「廃棄または削除」しなければなりません。源泉徴収票など番号を記載した書類の控えを保存している場合は、書類の法定保存期間（5～7年）が経過した時点で廃棄が必要です。
電子化すれば廃棄作業は次のように簡略化されます。
・退職者の廃棄: 退職処理を実行すると、保存期間（退職後原則1年を目安）経過後に自動で削除通知または削除が行われる
・廃棄記録の自動作成: 「いつ誰の番号を削除したか」のログが自動で残るため、後日の確認や監査対応が容易
・紙の廃棄作業ゼロ: シュレッダーへの持ち込みや委託業者への依頼が不要になる
法定保存書類の電子化全般については、「中小企業の法定保存書類 電子化ガイド」も参考にしてください。
かかるコストと使える補助金
マイナンバー電子化にかかる費用の目安を整理します（2026年10月時点・税込）。
| ツール種別 | 月額費用（従業員30名） | 初期費用の目安 |
|---|---|---|
| 労務管理クラウド（マイナンバー機能付き） | 3,000円～10,000円 | 0円～50,000円 |
| マイナンバー専用管理ツール | 1,500円～5,000円 | 0円～30,000円 |
IT導入補助金（デジタル化基盤導入類型）の対象となる労務管理ソフトにはマイナンバー管理機能を含むものが多く、補助率は最大75%です。IT導入補助金の詳細は「IT導入補助金 デジタル化基盤導入類型とは」をご参照ください。
よくある失敗と回避策
失敗1: 従業員が電子提出に対応できない
電子提出の依頼メールを送っても、スマートフォンの操作に不慣れな従業員が対応できないケースがあります。最初の数回は、手順を説明するA4一枚の簡易マニュアルを添付するだけで対応率が大幅に上がります。入社時のオンボーディングフローに組み込んでおくと、毎回の説明が不要になります（関連: 中小企業の新入社員オンボーディングDXガイド）。
失敗2: 担当者一人に操作が集中して引き継ぎができない
電子化しても設定や操作を担当者一人に任せると、その人が異動・退職した際に誰も操作できなくなります。最低2名の担当者を設定し、年1回は操作手順を確認する機会を設けましょう。
失敗3: 廃棄のタイミングがわからずデータを溜め込む
「いつ廃棄できるのか」という懸念から削除できずにいる会社が多くあります。退職者の番号は退職後1年を目安に廃棄できます。源泉徴収票など番号を記載した書類の控えは、書類の法定保存期間（5～7年）に合わせて廃棄します。ツールの自動廃棄機能を設定しておけば、判断を迫られることなく対応できます。
失敗4: 移行直後に紙書類を一気に廃棄してしまう
電子化完了後もしばらくは紙書類と電子データを並行して保管し、内容の一致を確認してから紙を廃棄するのが安全です。1か月の並行期間を設けることをお勧めします。
本記事のまとめ
中小企業のマイナンバー収集・管理ペーパーレス化について解説しました。要点をまとめると次の通りです。
・マイナンバー法では安全管理措置が義務づけられており、クラウドでも法令に準拠した管理が可能
・従業員30名規模で月8時間かかる管理作業を、電子化で月30分程度に削減できる
・ツール選定では「アクセス制御・廃棄機能・マイナンバー法対応認証」の3点を確認する
・収集→保管→廃棄の一連のフローをツール内で完結させることで、担当者交代時も安全に引き継げる
・IT導入補助金のデジタル化基盤導入類型で補助率最大75%の支援を受けられる可能性がある
マイナンバー管理は、入社書類の電子化や年末調整のペーパーレス化とまとめて取り組むと、より大きな効果が出ます。まずは現状の管理台帳を作る棚卸しから始めてみてください。個人情報保護法の社内ルール整備と並行して取り組みたい方は、「中小企業の個人情報保護法対応ガイド」もあわせてご参照ください。
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